이에 A사 측은 2022년 국세심사위원회에 이의신청을 했지만 기각됐고, 같은 해 조세심판원에 심판청구를 했지만 모두 기각되자 종부세 부과처분 취소 소송을 냈다.

A사는 “외형상 주택 형태지만 과세기준일 당시 이미 기존 임차인이 모두 퇴거하고 단전·단수 상태에서 철거만 앞두고 있어 사실상 주택으로서의 기능을 상실한 만큼 주택으로 볼 수 없다"며 "종부세 과세기준일 이전에 이미 건물의 해체신청을 했음에도 용산구청의 처리 지연으로 철거를 못 했으니 지연의 책임을 원고가 부담하는 것은 부당하다"고 주장했다.

법원은 A사의 손을 들어줬다. 재판부는 "2022년 2월 종부세법 시행령 개정 때 종부세 합산 대상에서 제외되는 주택에 '주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일로부터 3년 이내에 멸실시키는 주택'을 추가했다"라며 "실제로 철거할 예정으로 주택을 취득한 경우 부의 편중 현상을 완화함으로써 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종부세의 입법 목적과 그다지 관계가 없다"고 밝혔다.

이어 "또 고액의 부동산 보유자에게 과세해 부동산 가격 안정 등 적극적인 목적을 추구한다는 종부세의 유도적·형성적 기능과도 거리가 멀다"고 덧붙였다.

또 재판부는 "원고는 이 사건 건물을 양도받은 직후 해체허가신청을 했는데 여러 차례 심의와 신청서 제출 과정을 거쳐 허가가 난 것"이라며 "그 과정에서 건물이 사용됐거나 사용될 가능성이 있었다는 사정이 보이지 않기에 건물 외관이 존재했다는 것만으로 주택으로 이용됐다고 볼 수 없다"고 판시했다.